Parmi les multiples préconisations formulées par la Cour des comptes dans son rapport thématique publié en novembre 2011 et intitulé "La mise en œuvre de la loi organique relative aux lois de finances : un bilan pour de nouvelles perspectives", on trouve notamment :
- Conduire des exercices de revue périodique des missions et des programmes.
- Donner sa pleine mesure au principe de responsabilité en attribuant toutes les marges de manœuvre aux gestionnaires.
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Sur le premier point : la structuration des lois de finances "en mode LOLF" apparaissait particulièrement figée lors de ses premières années d'application : l'architecture en missions et programmes semblait ainsi quasi immuable.
La Cour veut donc inciter le Gouvernement à donner plus de souplesse à cette architecture, et notamment, d'une part, à reconsidérer périodiquement les missions de la loi de finances en fonction des évolutions indispensables des politiques publiques, et, d'autre part, à revoir éventuellement l'articulation entre les programmes et leur répartition au sein des missions.
Sur le second point : la Cour met de nouveau l'accent sur le couple "liberté/responsabilité". Elle a en effet fait le constat que les gestionnaires disposent encore de marges de manœuvre insuffisantes pour atteindre les objectifs de la LOLF. Elle estime donc qu'une réelle responsabilisation de ces gestionnaires implique qu'ils disposent effectivement de toutes libertés nécessaires dans l'exécution de la loi de finances.