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Le paiement est l'acte par lequel une personne morale se libère de sa dette. Seul un comptable public peut valablement procéder au paiement d'une dépense publique. Mai avant cela, le  comptable devra opérer une série de contrôles :

• Il devra d'abord s'assurer de la qualité de l'ordonnateur ;
• De la disponibilité des crédits ;
• De l'exacte imputation des dépenses au regard des règles relatives la spécialité ;
• Le comptable devra refaire les calculs de liquidation, s'il y a une erreur en plus il faut augmenter l'engagement et la justification du service fait ;
• Le caractère libératoire du règlement.

Ces contrôles sont exercés sur la base des pièces justificatives produites par l'ordonnateur qui bénéficient d'une présomption de régularité. Une fois que ces contrôles sont faits, le comptable procédera au paiement s'il n'y a pas d'irrégularité. S'il perçoit des irrégularités, l'ordonnateur doit soit régulariser soit utiliser son pouvoir de réquisition. Dans ce cas, le comptable est tenu de persister dans son refus. Il faut de plus que l'ordre de réquisition soit transmis au préfet sinon la réquisition n'est pas valide et le comptable public ne devra pas payer.